فعالیت رسمی مرتبط با طب سنتی در دانشگاه علوم پزشکی بابل از خردادماه سال 1386 شروع شد.
در اولین گام، ریاست محترم دانشگاه، آقای دکتر سید علی مظفرپور را به عنوان مسوول ستاد احیای طب سنتی در دانشگاه منصوب نمود.
اولین همایش عمومی مرتبط با طب سنتی در آبان 1386 با سخنرانی جناب آقایان دکتر ناصری و دکتر سید احمد ثاقبی در این دانشگاه برگزار شد که مورد استقبال اعضای هیأت علمی این دانشگاه قرار گرفت.
پس از آن در فروردین 1387 جهت تأسیس کتابخانه مستقل طبی سنتی، کتابهای مرتبط خریداری شده و فضایی در دانشکده پزشکی به این امر اختصاص داده شد.
همچنین در همان سال باغ گیاهان دارویی در این دانشگاه تأسیس شد.
در سال 1387 دبیرخانه طب سنتی دانشگاه شروع به کار کرد و پس از آن دورههای متعدد آموزش طب سنتی جهت دانشجویان، کارکنان و اعضای هیأت علمی دانشگاه برگزار شد. در امتحان ورودی دستیاری طب سنتی سال 1387 دو نفر از پزشکان شاغل در دانشگاه (آقای دکتر سید علی مظفرپور و خانم دکتر روشنک ثاقبی) پذیرفته شدند که این دانشگاه پس از آن با هدف راه اندازی دورههای تحصیلات تکمیلی طب سنتی، به این دو پزشک مأموریت آموزشی داد.
در سال 1389 اولین مکاتبات جهت برنامهریزی تأسیس رشته و دانشکده طب سنتی با وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی انجام شد.
گروههای طب سنتی و تاریخ پزشکی از سال 1390 در این دانشگاه با حکم ریاست محترم دانشگاه برای 6 نفر از اساتید با سابقه فعالیت در گیاهان دارویی و طب سنتی و اسلامی، شکل گرفت و برای استفاده از گروه داروسازی طب سنتی، تفاهمنامهای با دانشگاه علوم پزشکی تهران منعقد شد.
پس از آمادهسازی مقدمات، درخواست رسمی تأسیس رشته و دانشکده طب سنتی به اطلاع شورای گسترش دانشگاههای علوم پزشکی رسید. در پی فراهم نمودن این مقدمات، نمایندگان هیأت بورد طب سنتی 1391/2/17، ضمن حضور در دانشگاه علوم پزشکی بابل، از امکانات این دانشکده بازدید نمودند. بهدنبال آن تقاضای دانشگاه علوم پزشکی بابل، در شورای گسترش دانشگاههای علوم پزشکی، مطرح شده و در دویست و هجدهمین جلسه این شورا در تاریخ 1391/5/9 موافقت اصولی با تأسیس دانشکده طب سنتی در این دانشگاه انجام شد.
این دانشکده از بهمن ماه سال 1391، پذیرای دستیار طب سنتی بوده است.
در تاریخ 1392/2/25 با حضور معاون محترم وقت آموزشی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی (آقای دکتر عینالهی)، نمایندگان محترم مجلس، مدیران دانشگاه و مسوولین شهرستان بابل، این دانشکده بهعنوان اولین دانشکده طب سنتی شمال کشور، بهطور رسمی افتتاح شد و در خبرگزاریهای رسمی کشور، بهطور وسیعی پوشش خبری یافت.
پس از آن نیز این دانشکده مورد بازدید مکرر مسوولین از جمله جناب آقای دکتر خدادوست (معاون محترم طب سنتی وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی) قرار گرفت.
دانشکده طب سنتی دانشگاه علوم پزشکی بابل بهعنوان چهارمین دانشکده طب سنتی در کشور (پس از دانشگاههای علوم پزشکی تهران؛ شهید بهشتی و یزد)، موافقت اصولی خود را در مرداد ماه 1391 از شورای گسترش آموزش پزشکی وزرات بهداشت، درمان و آموزش پزشکی کسب نموده است. محل ساختمان اصلی این دانشکده، در مجموعه دانشگاه علوم پزشکی بابل و بین کتابخانه مرکزی و دانشکده دندانپزشکی میباشد. این دانشکده تاکنون پذیرای 11 دوره دستیار تخصصی طب سنتی و 8 دوره دانشجویان کارشناسی ارشد تاریخ پزشکی بوده است.